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《零度战姬》第二季（又名：零度战姬振动）是一部以和袭击人类的异次元体NOVA的战斗为背景的故事。主角和哉失去了他的姐姐青井和叶，她们是传说中能与NOVA作战的潘多拉少女。为了继承姐姐的遗志，和哉进入了专门培养潘多拉少女的学校「杰尼提克斯」，成为了「禁止接触女王」莎堤莱萨·艾尔·布丽姬的制御者。从此以后，他的生活发生了巨大变化。 在与NOVA对抗中失去亲人之后，和哉加入了能够培养与NOVA对抗并掌控它们制御者机关《杰尼提克斯》。在那里，他遇见了被称作《禁止接触女王》而备受畏惧的少女莎缇莱萨·艾尔·布丽姬。喜欢上拥有与自己相似背影的莎缇莱萨后，在不断被拒绝之下，和哉仍然选择陪伴她一同赴战场，逐渐拉近了彼此的距离。 然而，在这个时候，《杰尼提克斯》上层机关《修吧里诶》下达了命令，派遣和哉前往阿拉斯加的基地。在那里，正在进行对抗NOVA的新策略——人工创造潘多拉计划《E潘多拉计划》。...